원산지기준이라 함은 어떤 상품에 대해 당사국 원산지를 인정해야 하는가의 판단기준이라고 할 수 있다.

자유무역협정(FTA)은 체결한 당사국끼리만 특혜관세를 부여하는 것이므로 어느 상품을 당사국 원산지로 인정하느냐가 중요하다. 하지만, HS 10단위로 11,000여개나 되는 품목에 대해 세계적으로 통일된 원산지 규정이 없고 각국이 자국의 사정과 기업요구에 따라 독자적으로 제도를 운용하기 때문에, FTA 협상시에는 원산지 기준에 대해 서로 첨예하게 이해가 대립되고 협상 막바지까지 원산지 기준 조화문제가 쟁점으로 남게 된다. 이때의 원산지규정은 특혜원산지규정이라고 하여 특혜관세 적용을 목적으로 하며 일반규정(비특혜원산지규정)과는 별개로 존재하게 된다.

원산지를 인정받기 위해서는 당사국에서 완전획득(wholly obtained)되거나 실질적 변형(substantial transformation)이 있어야 하는데, 이때 실질적 변형으로 어떤 기준을 사용하느냐가 핵심 쟁점이 된다. 일반적으로 실질적 변형으로 인정하는 기준으로는 크게 세번변경기준, 부가가치기준, 가공공정기준이 있다.

1) 세번변경기준: HS 품목단위를 기준으로 품목 변경이 발생한 나라를 원산지로 인정하는 것이다. HS 2단위냐, 4단위냐, 6단위냐에 따라 CTC, CTH 등으로 불리게 된다. 예를 들어 라이터부품(961390)을 수입해서 라이터(961310)를 만들어 FTA 상대국에 수출한다면 세번변경기준을 충족하고 특혜관세를 적용받게 된다.

2) 부가가치기준: 최종물품가격 중에서 당사국에서 발생한 비용이 일정비율을 만족시키는지가 기준이다. 국가별로 품목별로 설정하는 비율이 상이하지만 대개 40%~60% 이내에서 책정한다.

3) 가공공정기준: 특정한 공정이 어느 나라에서 있었는지가 원산지 판단기준이 된다. 특히 섬유의류에서 주로 이 기준을 사용한다. 옷을 만드는데는 대개 'fiber->yarn->생지(제직)->재단->봉제->날염'을 거치게 되는데, 재단기준이라고 하면 재단을 한 나라가 원산지가 되고, yarn-forward rule이라고 하면 원사(yarn) 이후의 공정이 모두 당사국에서 이루어져야 원산지로 인정되게 된다.

FTA 협정에서는 각각의 품목별로 원산지기준을 설정하게 되는데, 우리나라의 경우는 세번변경기준을 적용하고, 일부 품목에 대해 부가가치기준이나 가공공정기준을 설정하는 편이다. 하지만, FTA 협상상대국이 누구냐에 따라 서로의 기준을 조화시키다 보면 FTA 마다 원산지기준이 달라지게 되는 것이 보통이다